La cantidad de cromosomas que posee una mosca puede variar dependiendo de la especie de mosca que estemos hablando. Comúnmente las moscas tienen 12 cromosomas, es decir 5 pares de cromosomas comunes y un par de cromosomas sexuales. Sin embargo, otras especies de moscas como la mosca de la fruta solo posee 8 cromosomas, esta variación se da según la información genética y evolutiva de cada tipo de mosca. La mayoría de las especies de moscas poseen entre 4 y 5 pares de cromosomas somáticos y un par de cromosomas sexuales. Las moscas comunes comparten información genética relevante que puede ser objeto de estudio genético.
Las especies de moscas como la mosca de la fruta conocida como Drosophila melanogaster solo tiene 8 cromosomas, es decir posee 3 pares de cromosomas somáticos y una par de cromosomas sexuales. El genoma de cada una de las especies de moscas que existen varía según la información genética que posean.